La troisième année est constituée d’un M2 Recherche pouvant être une des parcours du Master de Physique de Strasbourg :
- Astrophysique;
- Matière Condensée et Nanophysique;
- Physique Cellulaire;
- Physique Subatomique et Astroparticules;
- Physique des Rayonnements, Détecteurs, Imagerie, Instrumentation et Imagerie.
Il est aussi possible de choisir un M2 d’une autre Université (après accord des responsables du Magistère). Le premier semestre est complété par un cours d’option supplémentaire. Le stage de second semestre est prolongé de 6-8 semaines et donne lieu à une soutenance orale.